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马皇后心地善良，总是替人求情说好话。
朱元璋在前殿发脾气，要砍人。马皇后则在宫里等着朱元璋，左说右说，婉转相劝。
尽管朱元璋有时很敷衍，但总归是从屠刀下救了不少的臣子。
朱元璋的侄子朱文正行为不检，被朱元璋猜忌，朱文正的多数幕僚被朱元璋以“蛊惑人心”的罪名处死。
但是，这还不算完，朱元璋打算叫朱文正过来当面质问，意欲让这个唯一的侄儿实现物理层面的消失。
马皇后赶忙劝解：“这孩子以往骄纵坏了，你看在孩子随你南征北战的功劳上，原谅他吧。
尤其是当年陈友谅进犯的时候，文正一人独守南昌城，不让贼寇前进半步，这功劳可是别人不能比的。
而且，你只有这一个亲侄儿，纵然他做错了事，但是念在骨肉亲情的份上，饶他一次吧，不然你到了黄泉路上，怎么面对你哥啊！”
听罢，朱元璋心中怒火平复了很多。但是，朱文正这小子一点也不知道收敛，私下里发牢骚，结果被人告发。
马皇后又劝解道：“这孩子就是嘴直，但是没有什么坏心思的，造反是万万不敢的。”
大学士宋濂的孙子宋慎，被人告发为胡惟庸案的党羽。宋濂也被抓了，罪名是连坐，要被判死刑。
马皇后给宋濂求情：“寻常百姓家请先生教弟子都是客客气气、十分恭敬，更何况是教导皇家子弟的先生啊！宋濂一直待在原籍，对于这件事根本不知情，应当是无罪的！”
但是，胡惟庸案是朱元璋心中的一根刺，不能轻易触碰和动摇。因此，没有答应马皇后的请求。
马皇后只能换一种方式劝谏朱元璋。
到吃饭的时候，朱元璋见马皇后不吃饭，也不喝汤，心里十分纳闷：“你是身体不舒服啊，还是饭菜不对胃口？”
马皇后回答都不是，她在给宋先生修福，希望宋先生能够平平安安。
朱元璋见状，很是心疼。第二天，朱元璋便特赦了宋濂，免除了他的死刑，将他流放到了茂州。
诸王的师傅李希颜脾气暴躁，以往教导乡下孩子惯了，到了皇家还是原来的教导方式，动不动就体罚惩治。
一天，一个小王爷的额头被李先生打了一个大包。小王爷哭着向朱元璋告状。
朱元璋一边摸着儿子的脑袋，一边酝酿着心中的怒火，准备一会儿提刀砍了这厮，也不看看自己几斤几两！
马皇后则在一边劝解道：“师傅拿圣人的道理教导孩子，能有什么错啊！你这生什么气啊！”
听完这番话，朱元璋自己也笑了，但怒火起来了，不得不消，便又把孩子打了一遍，让他惹师傅生气！
洪武十五年（公元1382年）八月，马皇后因病逝世，享年五十一岁。
生病的时候，马皇后自感时日不多，担心连累太医，便不肯服药医治。临终的时候，马皇后还劝诫朱元璋要任用贤能，敢于纳谏，不要大开杀戮。
马皇后去世后，朱元璋悲痛万分，决定不再立后。义子沐英当时镇守云南，听到消息，哭得吐血。
宫人感念马皇后的慈悲，作歌追颂道：
我后慈悲，化行家邦。抚我育我，怀德难忘！
怀德难忘，于万斯年。毖彼下泉，悠悠苍天。