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在中央政府，朱元璋也进行改制，将国家大权牢牢地掌握在自己的手中。
洪武十三年（公元1380年）胡惟庸案发生后，朱元璋深谙相权威胁皇权，于是废除中书省与宰相之职，仿效周朝六卿制度，提高六部地位。
吏、户、礼、兵、刑、工每部设有尚书一人，左右侍郎两人，各部尚书直接向皇帝负责，天下大权集中于皇帝。
吏部相当于今天的中央组织部，掌管全国官吏的任命、考核。户部掌管全国人口、田赋、商税。礼部掌管礼仪、祭祀、僧道、宴飨、教育、考试和外交。
兵部掌管卫所官兵的选授、检练和军令。刑部掌管一部分的司法权。工部掌管全国的工程制造（武器、货币等）、水利、交通。
其中，兵部只有军队日常管理与战时调令的权力，并没有战时的统军权。统军权在朱元璋设置的五军都督府手中。
朱元璋将前代的枢密院改为大都督府，节制全国军队。洪武十三年，朱元璋分大都督府为中、左、右、前、后五军都督府。
五军都督府以左右都督为长官，各领所属的都司卫所，与兵部相得益彰、共享军权。都督府长官名义上掌管全国军队，但不直接统带军队。
当有战事发生时，五军都督府的长官才能奉皇帝命令外出担任总兵官，指挥所属的部队的行军打仗。
但是，等到战争结束，总兵官必须上交将印，回五军都督府继续任职。
监察机关原为御史台，但也在洪武十五年被爱改名字的朱元璋，改为都察院，长官为左右都御史，下有监察御史一百一十人，分掌全国十二个布政使司。
都察院的职权是纠劾百司，见谁怼谁。凡有大臣奸邪、小人结党、贪污腐败、学术不正和破坏祖宗制度的，御史都有权随时揭发弹劾。
自古以来，御史这个衙门都被视为皇帝的耳目，替皇帝监察百官，向皇帝打小报告，为皇帝扫除一切的潜在风险。
监察御史在朝廷上监视各个不同的衙门，派到地方的，有巡按、清军、提督学校、巡监、茶马、监军等职务。
监察御史到了地方，就是代天子巡狩，按临所部，大事上奏，小事立断，是颇具权势的中央钦差。
如此，行政、军事、司法三种治权分别独立，没有任何的中间过渡，直接向皇帝负责。而且，三种治权内部还相互牵制，避免权力旁落于权臣之中。
而官吏地位以品级规定，尊卑有序。从九品到正一品，共十八级（有正有从），官位与品级一致，升迁调用都有一定的法度，不以上级喜好作为唯一尺度。
从中央到地方，层级分明，职权清晰，法令详细，组织严谨，不使一官可以结党专权，不使一官可以威胁皇权。
而在这一套官僚体系中，各种治权、各级官僚相互牵制，又以监察官作为皇帝耳目监察百官，以特务组织来威慑、镇压一切反抗力量。
都督府管军不管民，六部官员管民不管军。五军都督府将领平时不管理部队，动员、复员的军权归属兵部，供给后勤军粮的是户部，供给武器装备的是工部，决定战略部署的是皇帝。
全国的民政事宜由六部分别负责，六部尚书则直接奏对皇帝，由皇帝进行最终决策。
在过去的三省六部制，政事由三省分别负责，取决于皇帝，皇帝是帝国的首领和股东，拥有决策权。
而在新的官僚体系中，六部府院直接隶属于皇帝，皇帝不仅是帝国的首领，也是中央政府的负责人，集皇权与相权于一身，实现了高度的君主专制。