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朱元璋将军权一分为二：统兵权归属五军都督府，调兵权归属兵部。以文制武，文官发号施令，武官带兵打仗。
卫所士兵平时在属地屯田，战时朝廷军令一下，各地卫所集合成军，皇帝指派五军都督府的武将为总兵官，带兵出征。
待到战事结束，卫所士兵各回原卫，继续屯田，而武将上交将印，回到五军都督府。如此，将不专军，军无私将，杜绝了武将带兵叛乱的可能。
除切割军权外，朱元璋对各地的军官也加强了监视，他不仅在各个部队中派遣义子监军，还派遣特务人员暗中监视。
为防将领与公侯串联，洪武五年朱元璋还特地颁布军律，禁止卫所的将领接受公侯赠与的财物，禁止卫所的将领在非战争时期出入公侯的府邸。
而且，如果公侯没有皇帝的特旨，不得私自差使卫所的将领与士兵。公侯违反军律，三犯准免死一次（免死权限减少一次）；将领与士兵三犯发海南充军。
为防功勋将领造反，朱元璋以护卫安全的名义，赐予有大功的公侯功臣一支卫队。卫队有一百一十二人，设百户一人统率，颁有铁册，子孙世袭，称为奴军，也称铁册军。
铁册军听命于皇帝，需要将功臣的一言一行上报。如果功臣有反常的举动，那么朱元璋的屠刀便要挥舞过来了。
在作战时，尽管前方有统率大军的将领，但是具体进行战略决策的还是处在后方的朱元璋。
身处皇宫的朱元璋利用前方情报、军事经验决定前方的战术指挥，不给到前方将领任何的自主权力。说实话，要不是因为明军的对手太菜，这样打仗难免不会失败的。
即使是朱元璋最信任的将领，比如徐达、李文忠，也是如此被桎梏的，没有半点的军事自主权。朱元璋就像一个守财奴一般，牢牢地将军权握在手里。
当然，由于战场形势瞬息万变，前方将领有一点点的临场变通权，但是不多。如果出事的话，前方将领还要被问责。
此外，明军对于俘虏的态度就是屠杀干净，坚持“没有俘虏，没有麻烦”的方针。比如，朱元璋在龙凤十一年十一月五日的令旨：
“吴王亲笔，差内使朱明前往军中，说与大将军左相国徐达、副将军平章常遇春知会：十一月初四日捷音至京城，知军中获寇军及首目人等陆万余众。
然而俘获甚众，难为囚禁，令差人前去，教你每军中，将张（士诚）军精锐勇猛的留一二万，若系不堪任用之徒，就军中暗地去除了当，不必解来。但是大头目，一名名解来。”
十二年三月，朱元璋还严厉责备徐达杀俘虏杀得少：“吴王令旨，说与总兵官徐达，攻破高邮之时，城中杀死小军数多，头目不曾杀一名。
今军到淮安，若系便降，系是泗州头目青幡黄旗招诱之力，不是你的功劳。如是三月已里，淮安未下，你不杀人的缘故，自说将来！依奉施行者。”
不仅杀俘虏，有时还将投降的头目一起杀了。之所以杀俘虏，一方面是因为减少军队的供养负担，另一方面是消除未来的隐患。