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尽管朱元璋通过法律条文和严厉制裁封禁明教，但这并不能掩盖和压制底层百姓们对政治的失望，圣火不熄，反抗不灭。
是的，虽然朱元璋建立了崭新的大明帝国，但并没有帮助底层百姓们解除严酷的剥削和繁重的枷锁，并没有帮助底层百姓们过上之前红巾军所宣传的那般“明王出世”“弥勒降生”的幸福生活。
伤心秦汉经行处，宫阙万间都做了土。
兴，百姓苦；亡，百姓苦。
当然，相比于元朝，明朝在社会治理与民族关系方面还是有进步的，但是由于不可摆脱的政权阶级性与土地垄断问题，使得明朝仍旧存在严峻的阶级矛盾，这是历史的必然性。
所以，在红巾军起义的二十年后，白莲社、大明教和弥勒教仍然在农村地区传播，仍然吸纳了一大批信徒，尤其是在长江以南的江西。
洪武十九年（公元1386年）年底，朱元璋发布诏书，告诫治下的老百姓：“元政不纲，天将更其运祚，而愚民好作乱者兴焉。初本数人，其余愚者闻此风而思为之，合共谋倡乱。是等之家，吾亲目睹……
秦之陈胜、吴广，汉之黄巾，隋之杨玄感、僧向海明，唐之王仙芝，宋之王则等辈，皆系造言倡乱者……
致干戈横作，物命损伤者既多。比其事成也，天不与首乱者，殃归首乱，福在殿兴。今江西有等愚民，妻不谏夫，夫不戒前人所失，夫妇愚于家，反教子孙，一概念诵南无弥勒尊佛，以为六字，又欲造祸，以殃乡里……
今后良民凡有六字者即时烧毁，毋存毋奉，永保己安，良民戒之哉！”
在诏书中，朱元璋首先指出：因为元朝朝政腐败，使得上天要更改它的国运，这就使得有一些愚民兴风作浪，趁机作乱。一开始作乱的只有几个人，后来其他愚民也跟风加入，使得作乱的人越来越多，这是他朱元璋亲眼目睹的。
是啊，这不仅是朱元璋亲眼目睹的，也是他朱元璋亲身经历的，因为他朱元璋就是曾经愚民的一员，而且是最后摘得果实的愚民。一百步笑五十步，何如？
之后，朱元璋的诏书将秦朝的陈胜、吴广，东汉的黄巾军，隋末的杨玄感、向海明，唐朝的王仙芝，宋朝的王则等都视为妖言惑众、造反叛乱的首犯，认为他们成事不足，败事有余，搞得天下大乱，百姓流离失所。
但是，尽管陈胜、吴广、黄巾军、杨玄感、向海明、王仙芝、王则等人都是所在朝代的造反家，但造反的原因更多是当时朝廷的腐败残暴，而非这些人天生就是乱臣贼子。
试想，如果生在海晏河清的太平盛世，有几个人真心想造反叛乱啊，毕竟造反自古以来都是抄家杀头的重罪。
最后，朱元璋的诏书指出：如今江西就有一些愚民，夫妻两人不仅自己信邪教，还教孩子一起念诵“南无弥勒尊佛”，更有甚者妄图闹事，殃及十里八乡的老百姓。所以，朱元璋下令今后再有念诵“南无弥勒尊佛”这六个字的严惩不贷，不准民间百姓信奉弥勒佛。
然而，尽管明朝从创立之初就严厉封禁明教，但是“小明王”在西北地区的余党却仍然十分活跃，时不时挑拨一下朱元璋紧张的神经。
洪武初年，王金刚奴自称三元帅，与高福兴、田九成等利用白莲教在沔县（今陕西勉县）等地组织群众、发展信徒。
洪武三十年（公元1397 年），王金刚奴举兵起义，自称四天王，推举党羽田九成为后明皇帝，年号还是龙凤。
王金刚奴这一伙“小明王”余党，帝号和年号都承接自“小明王”，根本不承认“大明”这个新兴的朝代。
他们前后攻破多所城寨，屠戮官员，杀死官军，和大明王朝硬碰硬。失败之后，王金刚奴仍不死心，转入地下进行秘密活动，直到永乐七年（公元1409 年）被捕杀害。
此外，永乐四年（公元1406年），在原西系红巾军的根据地蕲州，又有妖僧聚集一众男女老少成立白莲社，妖言惑众，煽动叛乱，结果被官军捕杀。
野火烧不尽，春风吹又生。尽管多轮的明教火焰被扑灭了，但是新的火焰层出不穷。永乐七年（公元1409年）在湘潭，永乐十六年（公元1418年）在保定，都曾爆发弥勒佛之乱。
一直到明末，白莲社、大明教的教徒在不同时期、不同地点的传播以至起义，可以说是层出不穷、史不绝书。
虽然这些起义都被明朝优势的武力平定了，但是足以看出底层老百姓对于明朝政府的不满与愤怒。