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朱元璋在太平城中制止劫掠的义举，受到了当地儒士的一致好评。儒士李习、陶安前来拜见朱元璋，朱元璋问道：“两位先生有什么可以教给我的？请不吝赐教。”
陶安说：“如今天下大乱，群雄并起，纷纷抢夺壮丁、女人和财物。如果将军可以反其道而行，不乱杀，不劫掠，不烧房屋，那么就可以得到老百姓的拥戴。然后，东取集庆，成就一番创世基业。”
朱元璋听罢，深以为然，留下二人在元帅府做令史。为了更好地掌控太平城，朱元璋改太平路为太平府，任命李习为知府。又设置太平兴国翼元帅府，朱元璋自己做元帅，任命李善长为帅府都事，任命汪广洋为帅府令史，任命潘庭坚为帅府教授。
此外，为加强太平城的防守力量，朱元璋招募周边百姓做民兵，还征收他们的积蓄为军资，从城外运到城内，积聚力量，准备固守太平城。
元军不舍得太平城这个战略要地，便征召大军分两路包围太平城：水路用军船封锁采石，堵住朱元璋大军北撤的退路；陆路由民兵元帅陈野先率数万大军攻城。大军压境，形势紧迫，朱元璋率领将士死战，以命守城。
在这生死危难之时，朱元璋新纳的二夫人孙氏劝说他把府库中金银财宝搬到城头，赏赐给有功的将士，以此激励军心。此外，朱元璋悄悄地派出一支奇兵，绕到敌军背后，与守城将士前后夹击。如此，元军大败，红巾军生擒陈野先。
朱元璋劝说陈野先投降，而陈野先也不是一个敢死之辈，便顺着台阶投降了。朱元璋看重陈野先的才能，宰白马乌牛，祭告田地，与其结为异姓兄弟。第二天，陈野先全军归降，两人约好一起进攻集庆。
为防止陈野先诈降，陈野先的妻子被留在太平城做人质，他的部下由张天佑率领进攻集庆。实际上，陈野先此人是大地主出身，平生最痛恨造反的红巾军，他暗地里嘱咐部下，打仗时装模作样，不必认真，等到他有机会脱身之后，再带着他们回来打红巾军。
很不巧，这话被朱元璋的心腹检校（密探）打探到了，便告知了朱元璋。朱元璋知道后，揣着明白装糊涂，也不告诉统兵的张天佑，留下了一个大坑。
张天佑率军到达集庆城下，守城的元军将领福寿拼命守城，红巾军久攻不下。而且，由于陈野先的提前布置，导致攻城的部队只有一小半人在认真打仗，另外的一大半人出工不出力，最后吃了一个大败仗，全军灰溜溜地撤回到太平城。
眼见陈野先有二心，朱元璋索性放了他夫人，让他带着旧部，与郭天叙、张天佑合兵一起再攻集庆。很明显，朱元璋这是给郭天叙、张天佑二人挖了可以埋人的大坑，准备借刀杀人，利用陈野先将二人除掉。
此时的陈野先就像一匹脱缰的野马，再也没有什么顾忌了。他暗地里与集庆守将福寿约好里应外合，谋划着除掉郭天叙、张天佑二人，好为元朝立大功。攻城前一天，陈野先邀请郭天叙去他营中吃酒，席间摔杯为号，令埋伏的刀斧手杀掉了郭天叙。然后，布置埋伏生擒了张天佑，将其送给福寿杀掉。
不到一晚时间，红巾军两个主帅命丧黄泉，群龙无首。元军便趁势发动反攻，红巾军大败，阵亡了两万多人。陈野先率部追击到溧阳，由于马乏落后，结果被不知底细的民兵擒获。原来，当地民兵听说他投降了红巾军，十分愤恨，便不听他解释就直接砍掉脑袋了。真是，机关算尽太聪明，反误了卿卿性命。
朱元璋这招借刀杀人，用得真是出神入化。红巾军两个主帅郭天叙、张天佑一死，元帅府官最大的便是朱元璋。自此，郭子兴留下的旧部便全归朱元璋指挥，朱元璋成为了名副其实的都元帅。
郭子兴次子郭天爵被“小明王”任命为中书右丞，在朱元璋手下做官，既没有兵，也没有权。他眼睁睁地看着自己家的基业改姓了朱，满腹牢骚，背地里忍不住对身边的人言语。结果，不小心被朱元璋探听到了，斩草要除根，他便暗地里命人把郭天爵结果了。
郭子兴还留下一个小女儿孤苦无依，十分可怜。朱元璋感念郭子兴恩德，便将其收为第三房小妾，侍候曾经她父亲身边的小小亲兵。