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紫禁城里发生的事所造成的后果极为深远，而在地方，大明各地的叛乱依旧在继续。
高迎祥拿下扬州后不久就打到了江都，意图通过旧江口渡过长江直取镇江。
高迎祥的目的很明确，打镇江是为了取南京，镇江向来就是江南重镇，更是南京的门户。如从北向南直接打南京，缺乏战船的高迎祥没什么把握，可如果拿下镇江再打南京把握就大多了。
正当高迎祥派手下搜集船只，准备渡江而战的时候，徐宪成的部队在高迎祥还没反应过的时候连夜赶到，击溃高迎祥在旧江口的部队，放了一把火直接烧光了他的船只。
闻讯，高迎祥大惊，他没想到徐宪成来的这么快，更没想到自己刚辛辛苦苦搜集的船只就被这把火给烧了。没了船，要渡过长江根本就是不可能的事，而且不仅是徐宪成来了，就连卢象升也到了，其前锋已杀到了高邮，直接截断了高迎祥北方的退路。
见情况不对，高迎祥立即改变战略，他知道继续渡江作战已不可能，眼下如果让徐宪成和卢象升的队伍全部到位，那么就对在江都的他形成了包抄之势，虽然自己这边人多，但以战斗力而言根本不是两路明军的对手，高迎祥再不走恐怕就走不成了。
高迎祥是一个非常果断的人，要不然他也不会多次在官军手上逃生。当即高迎祥就做出了调整，不再打镇江，更不渡江，趁着徐宪成和卢象升的部队没有来得及合围的间隙果断向西突围。
高迎祥先派出一部分兵力去打旧江口，摆出一副要夺回旧江口的姿态。同时又派一部分兵力北上高邮，做出拦截卢象升的举动。而他的主力却毫不迟疑地往上官桥一带突围，在付出一定代价后高迎祥一路继续朝天长逃窜，接着南下六合，再向西至来安，摆出一副意图取中都的架势，实际上目标却是河南。
徐宪成和卢象升虽能打，也判断出了高迎祥行军的真正目标，但他们毕竟兵力不足，再加上客军作战指挥略有不便。而且高迎祥为了逃脱花了大本钱，果断在江都一带弃了数万流寇以掩护其行动。等到击溃这些流寇，调兵再追赶的时候，高迎祥已跑到百里之外了，两部一南一北继续追击，却始终没能追上。
高迎祥在南直隶搅得翻天覆地，更因为其兵锋接近中都，令中都留守大恐，不顾大局匆忙调动周围兵力守护中都，以防高迎祥部打到中都。
正是因为这个举动，使得中都周边的各处明军力量削弱，导致高迎祥毫无顾忌地一路西行，让徐宪成气得破口大骂，哪怕他三番五次下令各地官兵不得擅离防线，必须尽最大能力拦截高迎祥，可地方官兵包括卫所根本就不听他的指挥，哪怕徐宪成身上有崇祯皇帝的圣旨，并担任着江北总督一职，但对于他们来说这个总督只不过是临时职务，中都才是最要紧的，一旦中都丢失皇陵出了问题，就算事后抓到高迎祥也是死罪，怎么可能按照徐宪成的指挥去做呢？
无奈，徐宪成只能和卢象升继续追赶高迎祥，从南直隶一路追杀到河南境地。
因为徐宪成是暂领山东、直隶和江北总督，卢象升是湖广巡抚，他们两个无旨不得入河南作战，河南眼下是总督五省的陈奇瑜辖区，这时候的陈奇瑜因为忙于围剿张献忠部的缘故离着老远呢，哪里这么快反应过来？
就这样眼睁睁看着高迎祥一头流窜进了河南，徐宪成和卢象升却是无能为力，只能发八百里加急一路告知朝廷，一路通知陈奇瑜在河南继续围剿高迎祥部，而他们两部只能暂时驻守河南和南直隶的交接处，以防备高迎祥杀个回马枪再转回南直隶的可能。
徐宪成和卢象升的战绩虽不错，也达到了崇祯皇帝要求保住南直隶尤其是南京的目的，但问题在于虽杀敌不少，也给高迎祥带来了极大的损失，可实际上却没能在南直隶把高迎祥给留下来。
这样的结果不能说很是遗憾，不过徐宪成也是没办法，这仗打起来束手束脚，高迎祥的部队虽战斗力不强，可人数却不少，面对十几万的流寇，徐宪成仅靠手上几千部队能打成这样已是很不容易了，尤其是地方官兵和卫所根本不听他的指挥，在阳奉阴违的情况下，把高迎祥从南直隶一路驱赶至河南算是最好的结果。
不多久，朝廷的旨意下来了。
崇祯皇帝对徐宪成和卢象升在南直隶的战绩进行了嘉奖，却没有让他们继续入河南追击的打算。
圣旨中只是让徐宪成和卢象升在南直隶做好以防高迎祥再掉头东进的准备，此外另派南直隶的兵马接替他们现在的防区，等换防之后，徐宪成临时总督的职务撤销，徐宪成就可以带兵返回山东，而卢象升也是一样，直接去湖广驻防，归于陈奇瑜部指挥。
面对这个命令，徐宪成和卢象升面面相觑，这时候让他们离开南直隶，又不入河南剿匪，实在是有些匪夷所思。可圣旨难违，徐宪成和卢象升只能遵旨，过了没多久随着南直隶的部队接管防区后，徐宪成和卢象升依依道别，各自离去。
相比徐宪成和卢象升的情况，在陕西的孙传庭却要顺利的多。
孙传庭带着高杰部去陕西就任巡抚，高杰可算帮了他大忙了。
高杰原本就是陕西人，而且他还是流寇出身，对于陕西的情况非常了解，一路上不仅为孙传庭讲解了陕西的地形风土人情，还着重介绍了陕西流寇各部的情况。
等到达陕西的时候，孙传庭对陕西已算是颇为了解了，不仅包括陕西的局势，还有陕西流寇各部的信息。
抵达巡抚衙门，正式上任后，孙传庭就以高杰部和王荣给他的几百精兵为核心开始组建新的陕军。
大明军队中最能打的几支军队都是边军，其中关宁军和陕军是佼佼者，当然浙军和白杆军不在其内，毕竟这两支军队和其他的明军不一样，是属于募兵制，而且自浑河一战后浙军已经没了，白杆军现在也是秦良玉重建的，虽然听从朝廷调遣，却属于秦良玉的私军。
陕军的战斗力原本就不弱，三秦之地历来就是出精兵的地方，这也是各路流寇起事大多都是在陕西出现，而且屡剿不尽的缘故。
孙传庭虽是文人出身，却对军事极有天赋，而且他还是一个天生的统帅。尤其是他上任之前手中就有了高杰这样的人帮助，再加上握着一支完全听从他指挥的军队，陕军的组建很是顺利。
仅仅不到两个月，孙传庭的军队基本就成了，整支军队共有五千余人，其中核心的是高杰的部队，再加上他的亲卫，其余都是从当地招募或整编而来的陕军。
组成军队后孙传庭抓紧时间进行训练，并提拔了几个他认为可用的将领，其中就有和高杰同样从流寇投诚朝廷的白广恩，此外还有左良玉的弟弟左光先等人。
因为陕西流寇猖獗，洪承畴多次向孙传庭求援，要求孙传庭配合共同围剿流寇。孙传庭没太多的时间，只能在对队伍稍加训练后就开始了他的剿匪计划。
孙传庭以战代练，从巡抚衙门所在的西安为中心，逐步向四周开始清扫流寇，几战下来，孙传庭指挥得当，再加他的部队人数虽然不多，可战斗力却是杠杠的，此外还有火器的优势，打得几股流寇根本无法招架，只能抱头鼠窜。
孙传庭乘胜追击，联合洪承畴一举先后荡灭了蝎子块、张妙手、混天星、过天星、大天王等流寇，杀敌数万，使得陕西异常严重的流寇情况大为好转，同时孙传庭在扫荡流寇的期间也没忘记安抚地方，他以巡抚的名义下令地方尽快安置流民，恢复生产，减少地方矛盾，在这一系列的操作下，陕西的局势以肉眼可见的速度恢复了秩序。
孙传庭在陕西的清扫流寇的战绩传到京师，崇祯皇帝很是高兴，特意加封了孙传庭兵部尚书衔，令其再接再厉，彻底荡平陕西一地。
孙传庭接到旨意后却没有太多的兴奋，因为这时候在外人看起来孙传庭很是风光，战绩辉煌，陕西局势也大为好转，可作为陕西巡抚孙传庭却明白这仅仅只是表象，清扫流寇固然重要，可如何稳定地方更为重要，假如后者无法做到的话，前者做的再好也无济于事。
这就和治病一样，不能头痛医头脚痛医脚，要找到病源对症下药，彻底拔除才能恢复健康。
可现在，整个陕西的问题重重，之所以会流寇四起，那是因为天灾人祸严重，再加上朝廷的赋税压得百姓透不过气来，百姓们实在是活不下去了，这才起事造反。
如果这个问题不解决，哪怕孙传庭在陕西杀的流寇再多也改变不了根本，这让孙传庭忧心忡忡。