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Mark.06抵达最终教条区前，指挥室。
美里已经去寻找明日香了，赤木律子注视着大屏幕，那里展现出地面上的监控。
由于使徒的攻击，初号机，以及自战队的士兵，所有人都失去了行动能力，漆黑色的EVA，闯入了NERV本部。
赤木律子不清楚那台EVA的驾驶员是谁，但是SEELE来到本部的目的只会有一个，一定是第二使徒莉莉丝的本体。
人类补完计划条件之一是亚当与莉莉丝的融合，而且在SEELE的剧本里，最后也是要由莉莉丝来开启仪式的，如果SEELE想要在此完成计划，那么他们必须要抵达最终教条区。
“必须要尽量拖延时间！”赤木律子凝视着屏幕。
MAGI被攻击了，攻击方来自世界各地，共有五台和MAGI同类型的超级人工智能发起了外部的冲击数据流，SEELE这下是把压箱底的东西都掏出来了。
自我防御系统还能支撑一段时间，作为一个科研学者，赤木律子没有能力战斗，但她也有她自己可以做的事情。
“我接下来要前往MAGI的主机层，上面已经被使徒和SEELE占领了，你们就留在这里吧，至少.还有一线生机.”赤木律子从座位上站了起来。
她没有迟疑，孤身一人前去乘坐直达的电梯。
并没有人跟上来，也是，虽然青叶他们和律子一起工作了一段时间，但那些年轻人，他们曾经莫名其妙地被自战队的人抓入了监狱，又被放了出来要求他们继续工作。
人类补完计划，亚当，EVA的事情，虽然律子和他们说明过了，可是已经无法回到原来的工作氛围了。
毕竟是律子先隐瞒了真相，先做了欺骗的一方。
大家都不是道个歉拉拉手就能和好如初的小孩子了，成年人一旦失去对彼此的信任，那么心中永远都会隔着一道无形的墙壁。
“这也是我自作自受了，妈妈。”律子自嘲地笑了一声，望着电梯间内不断变化的楼层，叮的一声响，她抵达了放置MAGI主机的楼层。
她独自通过身份认证，通过一层层的合金门，来到了那个重重防卫的房间。
MAGI的主机很大，她揭开了一扇通风扇的保护门，那中间的通道可以让一个成年人钻进去。
通道中有许多的电缆和线路，除此之外，还贴着很多张陈旧泛黄的便签，便签上是手写的代码。
这些便签是十多年前的旧东西了，是赤木律子的母亲在开发MAGI时的备注，每一份都是律子熟悉的笔迹。
律子似乎能看到妈妈日夜孤独地在这个地方开发系统流下的汗水，她钻了进去，拿出了外接键盘，直接插入接口，对MAGI的底层操作系统进行指令操作。
她开启了最高权限的666号B型防火墙，这样62个小时内，都无法从外部侵入MAGI。
之后，她让MAGI将地下40层到265层的所有通道关闭，然后直接切断电源供给，在通道中填满硬化酚醛树脂。
做完这些事情，她抹了抹额头的汗水。
“这样至少能再多拖延几分钟吧。”
这是她能做的所有事情了，正当她离开主机内部的时候，她却听到了人的脚步声。
是谁？
“律子，把门打开。”
沙哑低沉的嗓音，赤木律子的心头一紧。
她已经决定忘记过去的事情，可是听到那个人的声音，还是会有种仿佛揪着心脏的心悸。
律子钻出了主机，看到了碇源堂的脸。
不只是碇源堂，还有绫波丽。
“没听到吗？我让你把门打开。”碇源堂冷冷地说。
“碇司令，你原来还活着吗？”赤木律子看了一眼一言不发的绫波丽。
“伱把门打开，过去的事情，我可以不追究。”碇源堂朝着律子伸出手：“来吧，过来。”
赤木律子咬着嘴唇，手缓缓从白大褂的口袋中伸出。
然而在她伸出手之前，砰的一声，枪响了。
她的右手掌被击穿，鲜血顺着手臂滴落到地面上，一把手枪在地上翻滚几下。
碇源堂开枪了，在律子掏出手枪之前。
“果然，你对我一点都不信任呢我还以为，我在你的心里，至少能有一点位置.”
赤木律子的手微微抽搐，疼痛让她喘不过气来。
碇源堂并没有回话，他用黑洞洞的枪口指着赤木律子的头，无声地扣动了扳机。
砰！
子弹无情地射出，一朵血花在律子的身上绽放。
子弹并没有击穿律子的头，但这一枪还是击中了律子的胸口，律子只觉得绞心的疼，全身失去力气倒在了地上，意识逐渐模糊。
碇源堂皱眉，回头看着绫波丽。
他刚才那一枪，是想直接击穿律子的头部的。
“算了，这样也可以了。”
碇源堂沉住气，拿出早已准备好的U盘，插入MAGI的主机。
无法从外部侵入，那就从内部侵入。
MGAI的三个模块，分别代表创始者的三个人格：科学家、女人和母亲。
碇源堂从代表女人的模块侵入，迅速占领了整个MAGI。
通往最终教条区的通道恢复了供电，全部打开。
“朗基努斯之枪竟然.”渚薰握住了自己的右臂，全身冒出冷汗。
Mark.06的右臂被朗基努斯之枪扯断了，虽然断掉的不是他的手臂，但是他能百分百地感受到断臂的疼痛。
“没关系，只要能抵达那个地方，只要能回归亚当”渚薰强忍着疼痛，Mark.06跌跌撞撞地往前走。
可看到那个巨大十字架时，渚薰却愣住了。
“这个是是莉莉丝？”
“是么.是这么一回事么.你们算计我！”
他是自亚当诞生的生命，是无法回归莉莉丝的。
从一开始他就被骗了，只是在被人当枪使。
单纯的渚薰，根本没想过人类的勾心斗角有多么可怕。
地面之上，本已沉眠的初号机，被EVA量产机架上了天空，祂的背部张开巨大的光翼，照亮了夜空和几乎变成废墟的第三东京市。
在初号机展现出这副形态后，朗努基斯之枪几乎是同一时刻，刺到了初号机的咽喉部位，枪把上还挂着Mark.06的右臂。
同一时间，Mark.06内部，也发生了巨大的变化。
渚薰失去了对Mark.06的掌控，这台EVA当中，有另一个存在。
“Lilin把你融入了进来吗？”渚薰立刻明白了。
是原本占据了三号机的使徒，它并没有被朗基努斯之枪刺死，Lilin用某种手段，让那个使徒以这种形态和Mark.06融合并在此时此刻苏醒过来。
使徒之间，互为敌人。
只有一个存在能回归亚当，剩余的都会被净化。
所以，第十三使徒，对渚薰发起了攻击。
渚薰失去了对Mark.06的掌控，但Mark.06依然拥有着增幅过后的AT力场。
这个AT力场仿佛结界一般，将渚薰封锁住。
Mark.06的S2机关在此刻爆炸了，其释放出的足以毁灭周边一切的能量，被限制在Mark.06的内部。
连爆炸的声音都没有，就像是一切收缩成了一个奇点。
渚薰和Mark.06一起，化作了虚无。
SEELE，魂之座。
“朗努基斯之枪终于回到了祂的手中。”
“所有的使者都完成了他们的任务。”
“虽然有些冒险，但我们的愿望终于要实现了。”
“条件还不完备，但也只能如此，再拖下去，恐生变数。”
“让EVA量产机，归于其原貌。”
“带给我等人类福音的真貌。”
“透过平等的死和祈祷，人们将归其原貌。”
“这也是灵魂的安息。”Keel议长说：“那就开始仪式吧。”
“现在让中心之树复活，我等仆从，EVA量产机，就是为了此刻而诞生的。”
碇源堂带着绫波丽，来到了最终教条区。
他提前Mark.06一步来到了这里，为了防止他手上的亚当胚胎引起渚薰的注意，他一直蛰伏着，等待Mark.06按照计划湮灭才现身。
他趟过了橙色的生命之水，抬头看向天花板上的大洞。
碇源堂的得知的计划当中，是要用莉莉丝来举行最后的仪式的，所以才让与亚当融合的他回到NERV。
但是从现在的情况来看，SEELE的真实计划，是要以初号机为神的替身，他也只是SEELE计划中的一部分。
不过他早有预料，老人们可不是那么简单就能处理的对手。
捕获了S2机关，并且融入了人类灵魂的初号机，同时拥有了生命果实和智慧果实，初号机已经有了成神的资格。
碇真嗣沉睡的灵魂醒了过来，朗基努斯之枪束缚住了初号机的动作，他什么都做不了，只能眼睁睁看着EVA量产机咬住初号机的光翼，将仿造的圣枪插入自己的胸膛。
强大的反AT力场，以初号机为中心爆发出来。
这便是第三次冲击的开始，与十五年前的第二次冲击如出一辙。
身处地下生态圈的明日香和美里，能透过那个大洞看到天空中的初号机。
美里想起了十五年前的记忆，她那个时候还是个孩子，和父亲一起在南极，见证了第二次冲击的发生。
唯有她被父亲塞进救生舱活了下来，其他人都死了。
“又来了吗？”美里咬牙：“难道我们还是什么都做不了吗？”
身处最终教条区的绫波丽，她的身上开始出现了变化。
她的身体好像太阳底下的冰淇淋一样融化了，开始失去人的形状。
“丽，AT力场没办法维持住你的人形了。”
碇源堂脱下了手套，他掌心融入了亚当的胚胎，呈现出一种扭曲的样子。
正在他想要触碰绫波丽的时候，伊恩终于骑着兵长抵达了最终教条区。
他只比Mark.06晚到十几秒钟，这十几秒钟是为了保护美里和明日香耽搁的时间，但就是这十几秒，Mark.06就消失得无影无踪了。
他不清楚到底发生了什么，但看到碇源堂和绫波丽出现在这里，一副要启动第三次冲击的样子，他便明白，渚薰恐怕和原来一样，被SEELE给算计了。
力天使、和子宫天使被初号机解决，鸟天使死于伊恩的手中，最后的自由天使迎来了他的宿命。
SEELE以伊恩没预想之外的方式，凑齐了人类补完计划的条件。
碇源堂看了一眼伊恩，咬咬牙，用力把亚当的胚胎伸入绫波丽的腹部，想要借此与莉莉丝融合。
“来吧，丽，把我带到唯那里去！”
“绫波丽！”伊恩大喊一声：“我也觉得你很适合当家庭主妇！”
长期指挥工人让他练就了一副中气十足的大嗓门。
绫波丽听到这句话，原本失去高光的眼睛，忽然亮了起来，猛地一下把碇源堂推开。
“我不是你的人偶！”快要融化的绫波丽，朝着伊恩这边跑来。
可是绫波丽却无法控制自己。
钉在十字架上的残缺莉莉丝生长到了完全状态，从莉莉丝的身体上传来巨大的吸力，莉莉丝的身体正在渴望自己的灵魂。
绫波丽飞到了半空中，被莉莉丝吸了过去。
“兵长！去绫波那边！”伊恩大喊，巨大的结晶柱在地面生长，给立体机动装置创造了载体
利威尔咂嘴，在空中回旋。
莉莉丝的身体坠落，合金墙壁、结晶柱祂的身体穿过了物质形成的事物，仿佛虚化的投影。
与此同时，一个碇源堂意想不到的人，出现在了出入口那里。
是赤木律子，赤木律子被许多人扶着，有人为她的伤口做了包扎。
碇源堂的那一枪擦着她的心脏穿过去了，在她昏迷过后，原本躲在指挥室的年轻人们救助了她，带着她来到了最终教条区。
“律子小姐，虽然发生了很多事情，但是我们都很感谢你一直以来对我们的照顾。”
这是青叶对律子说的话。
“还赶得及！”律子大声说：“绫波丽，把伊恩带到莉莉丝那里去，你们要去初号机，去真嗣那里！”
律子的话没说完，伊恩已经来到了绫波丽身边。
绫波丽彻底失去人的形状了，莉莉丝的身体砸下，砸入LCL之中。
伊恩和绫波丽一起融入了莉莉丝，那个纯白的身躯出现了变化，变成了绫波丽的形状。
律子微笑：“剩下的，就交给你们了。”
啪的一声，她和在场的所有的年轻人，包括碇源堂，都失去了AT力场，还原成了最原始的生命之水。
(本章完)