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经过几天的赶路，小智他们在一个明媚的上午来到港口，却错过了前往大陆本土的通讯船，其实是小智故意耗了些时间在和小刚他们一起买必需品。
闲的实在没事，小霞拿出三根鱼竿递给小智和小刚，坐在码头上钓鱼，小智主要是为了弥补自己在巨大神奇宝贝岛屿上啥都没有钓到的心理寄托。
“太棒了，我终于钓到了~”，一会功夫，就有东西咬伤上了小智的鱼钩，小智用力的收杆。
“墨海马？”，小智钓起了一只似乎受了伤的墨海马，小智本以为他会自己出现，结果是被自己钓了上来。
“是墨海马耶，好可爱哦”，小霞看到了小智钓起了可爱的墨海马，少女心萌发。
“可是，他好像受伤了”，小刚担心的说道。
之后墨海马喷出墨汁在水面上绘出了玛瑙水母和毒刺水母的样子，向小智他们传递了信息。
“现在应该是治疗他的伤口为优先，可是这里没有神奇宝贝中心啊，好~”，小霞看到墨海马是受了伤的，就想丢出宝贝球收服墨海马进行治疗。
‘轰’，就在这时，海面上的一艘轮船受到了攻击，发生了爆炸，船上的人都跳到了海里。
“大事不好了，那艘船！”，小刚看到后惊慌的说道。
“没办法，先救人，出来吧，杰尼龟，暴鲤龙”，小智看到那些说中人快溺水了，就立刻派出杰尼龟跟暴鲤龙过去救人。
“你们也去吧”，之后小霞也派出了自己的海星星，宝石海星跟角金鱼。
“喂，你们快上来”，小智坐在暴鲤龙的背上对刚溺水的船员喊道。
“好！”，一些船员爬上了小智的暴鲤龙的背上。
所有的船员被送到岸上后，小智一行人根据船员吞吞吐吐的话语去到社长金婆婆表妹那边去了，到那后，听了一大堆废话后···“一些烦人的玛瑙水母却老是爱跑来妨碍我的工程，世界上为什么会存在如此令人讨厌的东西呢”
“你说令人讨厌”，对于喜爱水系神奇宝贝的小霞听了金表妹的话有些气愤的说道。
“恶心透顶了，也不能够拿来吃，他就只能妨碍我赚钱，这样吧，你们来帮我赶跑这些水母怎么样，成功的话，一年之内全世界最豪华的晚餐随便你们吃到高兴，还有奖金100万元”，婆婆继续的说道。
“不好意思，我们拒绝，虽然奖励很诱人，但我不会为了钱而去伤害神奇宝贝”，小智率先说出口，“而且我觉得玛瑙水母袭击人肯定是有原因的”，小智后来又替小霞说明了理由，随后三人别离开了金表妹的大楼。
“这时代竟然还有不要钱的小鬼”，金表妹在自己的办公室嘲讽道。
“那个，小智谢谢你替我解围”，路上小智的做法让小霞很感动的说道。
“没什么啦，毕竟我们是伙伴嘛，你说对吧，皮卡丘”，“皮卡~皮~”，小智和皮卡丘回应小霞说道。
“我也觉得小智说的没错，神奇宝贝只要不受到威胁之类的是不会轻易去攻击人类的”，小刚再赞同小智的意见。
“对了，小霞，墨海马怎么样了”，小刚接着询问小霞说道。
“已经没事了，你看”，随后小霞拿出墨海马的宝贝球给小刚看。
“小霞你什么时候收服的”，小智只记得小霞实在最后一个片段收服墨海马的。
“怎么啦，本小姐收服神奇宝贝还要跟你说吗”，小霞对小智吐舌头地说道。
小智······小刚······
就在这时，广播中说只要有训练家能够赶走玛瑙水母，就可以得到丰厚的奖赏。之后这个工作被火箭队得到了，玛瑙水母们最后受到刺激对火箭队发动了攻击。
结果船上的那瓶国产三杯醋倒在玛瑙水母们身上，玛瑙水母再次受到强烈的刺激集体合体进化成了巨大的毒刺水母，抓住了火箭队三人组，摧毁了金表妹的海上饭店。
“啊，快逃啊”，大家看着海啸都四处的逃散了，而小智也拉着小霞到了一栋楼的顶层，看着这么大的毒刺水母，小智只能把希望寄托在小霞身上了，毒刺水母随后又使用海水淹没的城市，所有人最后都躲在了高楼上。
毒刺水母开始不断地破坏着城市，其他玛瑙水母也顺着海水进入到了城市，之后其中一只玛瑙水母控制了喵喵对人类说出自己破坏城市的原因。
“原来，之前墨海马想告诉我们的是这件事情，立志要成为水系训练家的我，真是太失败了”，小霞他们明白的事情的因果后，开始深深的自责，随后，小霞跑了出去。
“小霞！等等”，小智虽然知道小霞会阻止毒刺水母，但还是不放心就跟了上去，毕竟自己可能造成一系列不可估计的蝴蝶效应。
毒刺水母看到小霞正跑在接近自己的天桥上，以为她会有什么威胁到自己的手段，便抓起附近的天线朝着小霞砸去。
正当小霞看到天线正向自己袭来的时候，以为完蛋了的时候，“皮卡丘，伏特攻击”，皮卡丘使用伏特攻击快速的撞开了砸向小霞的天线，小霞回头一看，看见是小智在帮助自己，还有小刚也赶了上来，眼旁流露出了眼泪，但还是止住不愿被看出来。
“小霞，这里有我，你一定要阻止毒刺水母危害大家”，小智随后对小霞喊道。
“小智，你放心，作为水系神奇宝贝训练家的我，不会让你失望的”，小霞回应小智道。
“嗯，小刚你也比较懂神奇宝贝，所以你跟着小霞一起去吧”，小智对身后的小刚喊道。
“小智...我知道了，那你也要小心”，小刚回答完小智后也跟着小霞一起去了。
“嗯，毒刺水母，你有事冲我来，别欺负一个女孩子”，小智朝着毒刺水母喊道，一边心想：可恶，剧情还是因为自己改变了吗，只能上了。
“可恶的小鬼，你们人类还想来伤害我们吗”，**纵着的喵喵接着说道，随后对小智发射了溶解液。
小智和皮卡丘都迅速的躲开了，并不是只有神奇宝贝在训练而已，自己也不能落后，小智看向被毒刺水母攻击过的地方，看到了已经被溶解液腐蚀的下一层，心想：身上带的神奇宝贝都发挥不了太大的作用，这场战难打了。
“皮卡丘，先使用十万伏特看看”，当毒刺水母想再次攻击小霞他们的时候，小智让皮卡丘使出十万伏特想看看有没有效果，皮卡丘使出十万伏特后只在毒刺水母的身上留下了一道痕迹，毒刺水母被激怒后把准备使用溶解液的口对向小智。
小智和皮卡丘再次躲闪，只不过这次小智和皮卡丘因为距离是朝不同方向躲闪，毒刺水母见状有发射出溶解液攻向皮卡丘，小智连忙转变方向扑向来不及躲闪的皮卡丘身边挡下了溶解液。
“皮~卡~...皮~”，皮卡丘缓慢的睁开了眼睛，看到小智为自己挡下了攻击，眼泪从眼眶中流了下来，滴在了地上。
“皮卡丘...你没事真是太好了”，小智看向皮卡丘说道，只不过因为背上收到了溶解液的攻击产生了剧痛，小智难以忍受。
这个时候，小霞回头看了一眼小智，只看见小智抱着皮卡丘跪在地上喘气，小霞再也忍不住了，放出了自己最大的嗓门朝着毒刺水母嘶喊着“住手啊，毒刺水母，求求你，快点带大家回海里去吧”，就在毒刺水母要继续攻击小智的时候，从高楼上传来了小霞的声音，“毒刺水母，请你回去吧，你们的意思人类已经都知道了，我们再也不会破坏你们住的地方了，毒刺水母，求求你们，求求你们快回去”，小霞一边流泪一边说着。”
“好吧，这一次就原谅你们，主要是看在你的诚意和那边那个人的行动，下一次就不会这么简单了”,毒刺水母回头看了看人们，最终说道。
正要毒刺水母带着玛瑙水母群离开的时候，金表妹还是攻击着毒刺水母，被毒刺水母的出售给打飞了。
“太好了，事情终于..平...息....了”,小智看到毒刺水母离开后，最终还是忍受不了剧痛，倒了下去，只依稀听见皮卡丘，小刚和小霞的叫喊。
······
“这里是哪，我怎么还这”,等小智醒来，小智周围一片漆黑，完全摸不着任何东西。
“皮卡丘，小刚，小霞，你们在哪”,小智接着喊道，小智向前走了一步，周围开始明亮起来，小智看见前方出现了身穿白色服饰的老人，小智向前去正想询问的时候，那个老人开口了。
“你好，初次见面，你不用，你的事情我都知道”，老人对小智说道。
“等等，你的声音我听到过，你是给我送快递的那个”,小智听到老人说话的时候想起来了。
“你说的没错，其实我是个系统，本来打算在你完成各项任务的时候在与你见面的，只不过你因为生命受到威胁强制性的破解了”，系统随之说道。
“这个，我有点懵”，小智随后脑门上三个。
“那我这么说，你是因为快挂了，我强制叫你到这来可以救你一命，然后我还要赐予你一样东西，懂了吗”，系统随后更加通俗的说道。
“懂了，等等，你要送我什么东西，是不是有条件”，小智随后问道。
“聪明，因为我们系统是随机抽取人类送到随机世界，所送的物品也是一样，这个给你”，系统向小智解释了一下，并给了小智一枚没看到过的勋章。
“记得，这个你要带在身上，意识浅薄时才能用，只有完成规定的任务，这枚勋章就会和你融合，你也可以随时用，还有一件事，你快醒了”，系统说完，打了个响指，小智脚底一空掉了下去。
······
“啊~。。。”，小智惊醒了过来，小智看向周围，看到了皮卡丘，小霞和小刚正趴在桌子上照顾自己睡着了。
小智感觉手上有东西，拿起手看了看，正是梦中那枚徽章，小智突然感觉到事情不简单，小智出于好奇，想要试一试，小智觉得梦中是意识浅薄的时候，所以就躺在病床上睡去了。
梦中，小智梦到了难以想象的画面，梦中小智看到的是游戏口袋妖怪中的背包栏，里面拥有全部的东西，而且都是*999个，还有神奇宝贝也一样，小智觉得很不可思议，就想试一下能不能用，小智点了下精灵栏，发现打不开，显示了一行文字，权限不够，小智想看来还是得做任务啊，可你任务又不告诉我是什么。
小智又试着点其他东西，发现暂时只有精灵球那一栏才能拿，其他都是权限不够，小智试着取出一个大师球看看。
第二天，小智等人都醒了过来，皮卡丘他们看到小智醒来了，都非常的高兴，小智询问了昨天小霞的事，小霞急的脸红的很快走出了神奇宝贝中心，小智则感觉除了被有点沉其他都没事，看了看背包，发现里面多了颗大师球，没想到这个竟然是真的，小智喜悦的合不拢嘴，小刚则是一脸诧异的看着小智。
小智把徽章做成了项链戴在身上，显得还是不错的，小霞，小刚和皮卡丘搭着早上的通讯传朝着下一个目的地出发了。