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美国西海岸（加利福尼亚州外海）人工岛城市·学芸都市。
白天——
因为学院都市组织的广域社会调查的活动，御坂美琴、白井黑子、初春饰利、佐天泪子四人来到了美国的学芸都市。
四人在岛上与白人女导演毕芭利·希斯露相识。
从海中突然出现的一架奇异的飞行器与学芸都市的空中防卫队“拉碧塞飞行队”进行战斗，美琴在其中使用能力保护普通游客。
奇异的飞行器在战斗中被击毁。
晚上——
对白天的事件充满疑问的美琴决定去探索学芸都市的秘密。
美琴以及偶然跟着她的佐天两人潜入到了影视设施“largelauncher（大发射架）”内部，并见到了白天所击毁飞行器“云海之蛇”的残骸。
两人在设施内部遭遇“工作人员”奥莉弗·赫丽德，不过奥莉弗却遵照上层的指示将两人放走。
9月4日。
白天——
在宾馆内的美琴一早就受到白井黑子（穿着学院都市特制泳衣）的骚扰。
独自在外面的佐天泪子被“云海之蛇”的驾驶员席琪桃尔抓住，受到她的威胁而去商店买泳衣。
买泳衣途中的佐天与毕芭利·希斯露偶遇，最后在毕芭利的推荐下，佐天给席琪桃尔买了一件非常显眼的宝石比基尼。
“云海之蛇”再次袭来，席琪桃尔的同僚托琪托莉出现并将席琪桃尔带回。
晚上——
美琴、黑子、白井三人品尝着晚饭后的甜点。
带着对一系列事件的疑问，佐天泪子决定重回“largelauncher（大发射架）”内寻求答案。
佐天刚要窥探到设施内部隐藏区域的时候就被“工作人员”奥莉弗逮住。
9月5日
白天——
因为担心彻夜未归的佐天安危，美琴三人在拥有“读心能力”的风纪委员帮助下得知了佐天的去向。
奥莉弗在上层的指示下准备将佐天泪子秘密“处理掉”。
在最危急时刻下的佐天被乘坐“云海之蛇”而来的席琪桃尔所救，并告知佐天自己隶属的组织（有翼者的归还）即将利用“太阳之蛇（魔法兵器）”发动对学芸都市的毁滅性打击。
晚上——
安然回到宾馆的佐天在自己的房间休息，并将自己的所见所闻告知给了三人。
奥莉弗·赫丽德带领特种兵突袭了佐天的房间，不过却被美琴和白井击溃。
在美琴的请求下，奥莉弗答应疏散滞留在学芸都市的全部游客。
学芸都市的高层“经营团队”五人受到了亚雷斯塔的警告。
9月6日。
避难警报拉响，学芸都市的游客开始登上大型救生艇“红鲑”上逃亡。
学芸都市“拉碧塞飞行队”与“有翼者的归还”展开全面战斗，美琴和白井两人则准备击毁“太阳之蛇”。
在美琴与黑子的攻击下，从天空俯冲而来的三架“太阳之蛇”被毁，但最后也是最具破坏力的第四架“太阳之蛇”却从天而降。
在乘坐“云海之蛇”席琪桃尔的攻击下，美琴与被击晕的黑子困在了一架处于下落中的“太阳之蛇”残骸上面。
通过发动能力对水分子的操控，美琴成功的制造出了一对“水之翼”，并带着白井脱离险境。
在空中的美琴追上席琪桃尔以及最后一架“太阳之蛇”，两人随即展开激战。
在美琴一击漂亮的“超电磁炮”攻击下，最后一架“太阳之蛇”开始解体。
“太阳之蛇”所落下的残骸致使身处地面的佐天泪子陷入危险，席琪桃尔见状则驾驶着“云海之蛇”赶去营救。
在佐天的恳求下，席琪桃尔放弃任务，和自己的同僚托琪托莉前去阻止其他同僚攻击救生艇“红鲑”的行动。
战斗结束后的美琴四人乘坐飞机离开了学芸都市。
不知何时，席琪桃尔与托琪托莉准备前往组织（有翼者的归还）的审判庭，接受组织对两人的审判。
9月8日
上午——
英国·伦敦·圣乔治大教堂（英国清教“必要之恶教会”根据地）
英国清教第零圣堂区“必要之恶教会”最高主教——萝拉·斯图亚特告知史提尔，亚雷斯塔所著的一本魔法原典“法之书”以及能破解此书的罗马正教修女奥索拉·阿奎纳被日本本土教派天草式十字凄教所劫走。另外，原担任此教派的女教皇神裂也不知所踪。
下午——
日本·东京·学院都市第七学区
茵蒂克丝在与土御门舞夏的谈话时被史提尔带走，并留下字条要上条前往都市外面的废弃剧院‘薄明座’遗址。
学院都市外部区域
在‘薄明座’遗址的史提尔以及茵蒂克丝两人与罗马正教派遣支援的修女雅妮丝·桑提斯相见。
上条带着在路上偶然结识的脱线修女奥索拉·阿奎纳赶往‘薄明座’遗址。
在遗址中的众人相见，不过奥索拉·阿奎纳却被突然出现的天草式劫走。
黄昏——
二十一名英国骑士派的骑士秘密登陆日本海岸，但一上岸时就遭到了神裂火织毁滅性打击，全员被击晕，土御门随后赶来善后。
晚上——
雅妮丝·桑提斯带领自己的罗马正教修女部队“雅妮丝部队”进行整备，准备与上条等人突袭天草式要前往的特殊移动魔法“缩图巡礼”的“涡点”，解救奥索拉·阿奎纳。
晚上十一点，营救计划正式开始，众人来到某游乐园内与天草式十字凄教进行战斗。
战斗中，上条救出奥索拉·阿奎纳，并给她带上英国清教的十字架。（奥索拉从此受洗礼，改信英国清教）
上条与史提尔合力打倒了天草式的代理教皇建宫斋字，战斗结束。
在建宫斋字的述说下，上条对“雅妮丝部队”救人的目的产生疑问。
由于提出想再见一面奥索拉·阿奎纳，上条、茵蒂克丝与露琪亚和安洁莉娜发生战斗，两名修女战败后自行离开。
9月9日
清晨——
上条、茵蒂克丝、史提尔、建宫斋字四人各自分别，上条准备独自前往未完工的“奥索拉大教堂”解救奥索拉·阿奎纳。
上条打破“奥索大教堂”的结界，史提尔、茵蒂克丝以及天草式的众人赶到，并与“雅妮丝部队”展开激战。
战斗中，茵蒂克丝施展的“魔滅之音”压制住了大部分的修女，但却因罗马正教的修女发动自杀攻击戳破自己的耳膜而遭到反击。
独自一人从混战中脱身的上条与“雅妮丝部队”的首领雅妮丝·桑提斯爆发激战。史提尔的必杀技“猎杀魔女之王”经过天草式众人的改进，足以压制住其他的修女们了。
因为首的雅妮丝被上条击倒，“雅妮丝部队”众人投降，战斗结束。
早上——
被送往学院都市医院的上条醒来，见到来探视他的神裂火织。
以上，是来自精灵们的汇报，对这几天发生的事情的汇报。
“原来如此，这几天就发生了这么多的事情吗？”通过使役存在于世界，可以说是无处不在的精灵们，奈落可以知道任何自己想知道的事情，因为这几天他一直闷在家里做一些事情，所以，并没有去关注外界发生的事情，也因此，他才会在空余时间向精灵们索要这几天所发生的事情的情报。
“辛苦你们了，多谢。”
说完这句话之后，环绕在奈落身边的浓密到几乎具现化变成蓝色光带的精灵们纷纷散去。